公司与该员工是否还存在劳动关系

既然你已经想的很明白了，那么还是公了算了。预留奖金的问题估计是不合法的，是不是算拖欠工资，是不是要计算滞纳金，自己弄弄明白。还是早结束了吧，要么员工要求和你签订无固定期限合同你哭都来不及。

我的理解: 公司安排其休假,并不是离职,劳动关系存续

但那只是服务部（部门）作出的休假决定，人事部当时并不知情，按照公司制度，我们当时是认定他连续三天旷工，即作出自动离职处理的。