员工不愿交社会保险怎么办

不可以。企业为员工缴纳保险是强制性的，除非员工能拿出证明，证明他由单位给他交纳。再说如果将公司缴纳的社保部分转为工资，这对企业来说风险是很大的，违法不说，企业原来为员工购买的工伤险是转移企业风险的，现在不交了，员工出现意外仍时由你企业承担，你的风险没有转移出去

让员工出具一份员工自己缴纳的证明（有点没人性）

缴纳保险是国家法律的规定，是强制性的，没有可讨价的余地。