关于辞退怀孕女员工的一次仲裁经历

现在我阐述一下公司的观点：公司在07年的时候曾经颁布过员工手册，上面注明工作时间是每周6天，每天8：30－18：00的，有员工的签字表示了解此事，包括A。合同上也注明了员工手册作为合同的附件，公司是否可以以此为理由驳回A的加班工资的请求。

1，第二份合同是标注了标准工时制的，公司能参照前份吗？还是必须补偿第二份合同时间的加班工资呢？

在此申明一下，我是09年7月14日才进入公司做人事的，基本上对A的工作方面的了解都是从领导处得来的，至于事实的真相是如何，我并不清楚。现在那位领导离职了，这个烂摊子就丢到我的头上了，请各位帮助。