不能扣员工薪资，该如何进行工厂管理？

客户来稽核的时候指出公司不能因为员工违犯了管理规章而扣员工薪资，但如果取消这一规定又不好进行公司的管理，特别是工厂。请问各位是如何处理这一问题的？老板说不扣也可以，那就让员工写说明认错的说明，但员工是不会写的，哎，面对这个难题真不知道怎么办，我们工厂的直线员工都是按照基本工资计薪的，故没有多出的津贴和绩效等栏位进行管理。